В первых вариантах распределительной хроматографии гидрофильной была неподвижная фаза, а гидрофобной — подвижная. Приведённая здесь современная модификация метода носит название обращённо-фазовая хроматография (ОФХ).
Сначала при взаимодействии с фенил-изотиоцианатом получают производные аминокислот (1). ФТЦ-аминокислоты (РТС-аминокислоты) малополярны и благодаря поглощению в УФ-области спектра их можно обнаруживать в элюате фотометрически. В качестве неподвижной фазы используются мелкие частицы силикагеля (диаметром 5 мкм) с привитыми углеводородными цепями (лигандами). Использование мелкодисперсных носителей позволяет повысить качество разделения, однако при этом растёт механическое сопротивление колонки. Поэтому высокоэффективную жидкостную хроматографию (ВЭЖХ) проводят в капиллярах или колонках, выполненных из нержавеющей стали, а элюент подают с помощью насосов высокого давления (2). В качестве элюентов используются системы растворителей с возрастающей концентрацией ацетонитрила (CH3CN). Состав подвижной фазы, а следовательно, и качество разделения (3) оптимизируют с помощью программируемых градиентных смесителей.