При разделении аминокислот методом ионообменной хроматографии в качестве неподвижной фазы используются гранулы синтетического полимера, несущие сульфогруппы (-SO3-). Эти группы ионизированы во всем диапазоне pH и несут отрицательный заряд. Для подготовки к работе ионообменник помещают в колонку и промывают Na+-содержащим буферным раствором с pH 2. При этом сульфогруппа (красный цвет) связывает ионы натрия (синий цвет). Если теперь нанести на колонку раствор аминокислот (1а), то положительно заряженные аминокислоты (зелёный цвет) вытеснят ионы натрия и будут сорбированы на ионите. Поскольку аминокислоты не несут заряда в изоэлектрической точке, их элюируют с колонки буфером с более высоким значением pH (1б). В качестве примера приведён эксперимент (3) по разделению аспарагиновой кислоты, треонина и гистидина. Графики титрования (2) наглядно объясняют, почему три аминокислоты элюирутся в указанной последовательности.
Строго говоря, аминокислоты элюируются при величинах pH, значительно ниже изоэлектрических точек, поскольку за связывание с ионообменником конкурируют Na+-ионы буферного раствора.