Крахмал откладывается в форме микроскопических гранул в специальных органеллах, амилопластах. Крахмальные гранулы практически не растворяются в холодной воде, однако они сильно набухают в воде при нагревании. При продолжительном кипячении примерно 15-25 % крахмала переходит в раствор в виде коллоида. Этот «растворимый крахмал» носит название амилоза. Остальная часть, амилопектин, не растворяется даже при очень длительном кипячении.
Амилоза состоит из неразветвлённых цепей, включающих 200-300 остатков глюкозы, связанных в положении α(1→4). Благодаря α-конфигурации при C-1, цепи образуют спираль, в которой на один виток приходится 6-8 остатков глюкозы (1). Синяя окраска растворимого крахмала при добавлении йода (йод-крахмальная реакция) связана с присутствием такой спирали. Атомы йода образуют цепочку вдоль оси спирали и в этом преимущественно неводном окружении приобретают темно-синюю окраску. Сильно разветвлённые полисахариды, такие, как амилопектин или гликоген, окрашиваются в присутствии йода в коричневый или красно-коричневый цвет.
В отличие от амилозы практически нерастворимый в воде амилопектин имеет разветвлённую структуру. В среднем один из 20-25 остатков глюкозы содержит боковую цепь, присоединённую в положении α(1→6). При этом формируется древовидная структура, в которой, как и в амилозе, имеется лишь одна свободная аномерная OH-группа. Молекула амилопектина может включать сотни тысяч остатков глюкозы, и иметь молекулярную массу порядка 108 Да.