Ультрафильтрация (гломерулярная или клубочковая фильтрация). В клубочках почечных телец из плазмы крови в процессе ультрафильтрации образуется первичная моча, изоосмотическая с плазмой крови. Поры, через которые фильтруется плазма, имеют эффективный средний диаметр 2,9 нм. При таком размере пор все компоненты плазмы крови с молекулярной массой (М) до 5 кДа свободно проходят через мембрану. Вещества с М меньше 65 кДа частично проходят через поры, и только крупные молекулы (М больше 65 кДа) удерживаются порами и не попадают в первичную мочу. Так как большинство белков плазмы крови имеют достаточно высокую молекулярную массу (М больше 54 кДа) (см. Белки плазмы крови) и заряжены отрицательно, они удерживаются гломерулярной базальной мембраной и содержание белков в ультрафильтрате незначительно.
Реабсорбция. Первичная моча концентрируется (примерно в 100 раз по сравнению с исходным объёмом) за счёт обратной фильтрации воды. Одновременно по механизму активного транспорта (см. Реабсорбция электролитов и воды) в канальцах реабсорбируются практически все низкомолекулярные вещества, особенно глюкоза, аминокислоты, а также большинство электролитов (неорганических и органических ионов). Реабсорбция аминокислот осуществляется с помощью группоспецифичных транспортных систем (переносчиков), с дефектом которых связан ряд генетически обусловленных наследственных заболеваний (цистиноз, глицинурия, синдром Хартнупа).
Секреция. Большинство веществ, подлежащих выведению из организма, поступают в мочу за счёт активного транспорта в почечных канальцах. К таким веществам относятся ионы Н+ и K+, мочевая кислота и креатинин, лекарственные вещества, например пенициллин.