При анаэробном гликолизе в мышцах и эритроцитах глюкоза превращается в молочную кислоту (см. Метаболическая регуляция мышечного сокращения), диссоциация которой приводит к образованию лактата и протонов. Образование кетоновых тел — ацетоуксусной и 3-гидроксимасляной кислот — в печени (см. Метаболизм липидов) также приводит к освобождению протонов. Избыток кетоновых тел (при голодании, сахарном диабете) ведёт к перегрузке буферной системы плазмы и снижению pH (метаболический ацидоз; молочная кислота → лактацидоз, кетоновые тела → кетоацидоз). В нормальных условиях эти кислоты обычно метаболизируют до CO2 и H2O и не влияют на баланс протонов.
Удаление протонов. В почках протоны попадают в мочу за счёт активного обмена на Na+-ионы. При этом в моче протоны забуфериваются, взаимодействуя с NH3 и фосфатом (см. Экскреция протонов и аммиака).