Для EcoR1 это последовательность 5′-GAATTC-3′. Гомодимер EcoR1 расщепляет фосфодиэфирные связи обеих цепей между G и A. Это приводит к образованию комплементарных «липких» концов (ААТТ), которые удерживаются вместе за счёт спаривания оснований. Их, однако, можно легко отделить друг от друга путём небольшого нагревания. При охлаждении липкие концы гибридизуются вновь в правильной ориентации. Места расщепления можно соединить с помощью ДНК-лигазы.