1. Пориновый комплекс. Из цитоплазмы в ядро (см. с. 210) белки попадают через крупный (125 000 кДа) заполненный водой пориновый комплекс. Транспорт белков через комплекс энергозависим и поэтому может регулироваться. Ядерные белки несут одну или несколько сигнальных последовательностей (см. Сортировка белков), с помощью которых они связываются с пориновым комплексом и импортируются с сохранением третичной структуры.
2. Переносчики белков. Импорт белков из цитоплазмы в органеллы осуществляется белками-переносчиками, которые представляют собой белковые комплексы, переносящие линейные полипептиды через биомембраны энергозависимым образом. Специфичность процесса обеспечивается за счёт связывания сигнальной последовательности с ближайшим рецептором (на схеме не приведён). Процессы развёртывания и вторичной укладки белков контролируются шаперонами.
3. Везикулярный транспорт. Перенос белков от одних органелл к другим происходит с помощью везикул. Везикулы отпочковываются от мембран одной органеллы, а затем исчезают, сливаясь с мембраной другой органеллы. Белки переносятся в полости пузырька или в составе мембран подобно интегральным белкам.