ГЭР принимает участие в синтезе липидов. Биосинтез осуществляется ферментами, закреплёнными на мембранах ГЭР. Здесь локализован синтез фосфолипидов и отдельные стадии синтеза холестерина (см. Водорастворимые витамины. II). В ГЭР специализированных клеток эндокринной системы протекают различные стадии синтеза стероидных гормонов (см. Метаболизм стероидных гормонов). В ГЭР локализованы также процессы метаболической трансформации ксенобиотиков (реакция 1, см. Биохимическая трансформация). В этих реакциях принимает участие система цитохрома P450 (см. Система цитохрома Р450), которую считают основной системой ГЭР.
ГЭР выполняет функцию депо ионов Са2+, поддерживающего низкий уровень Са2+ в цитоплазме. Эта функция более всего свойственна саркоплазматическому ретикулуму, специализированной форме ГЭР мышечных клеток (см. Регуляция сокращения мышечных волокон). В мембранах ГЭР локализованы управляемые Са2+-каналы и энергозависимые Са2+-насосы, а высокая концентрация ионов Са2+ в цистернах поддерживается при участии Са2+-связывающих белков.
Статьи раздела «Устройство и функционирование эндоплазматического ретикулума и аппарата Гольджи»: