Эукариотическая клетка организована системой мембран. Снаружи она ограничена плазматической мембраной. Внутренний объём клетки заполнен цитоплазмой, содержащей многочисленные растворимые компоненты. Цитоплазма разделена на хорошо различимые, окружённые внутриклеточными мембранами отделы, называемыми клеточными органеллами.
Самой крупной органеллой является ядро клетки (см. Ядро), его можно легко видеть в световой микроскоп. Внешняя мембрана ядра связана с мембранами эндоплазматической сети [эндоплазматический ретикулум (ER)], представляющей собой замкнутую систему связанных друг с другом канальцами уплощённых мешочков, составляющую единое целое с перинуклеарным пространством. Другая ограниченная мембранами органелла, также представляющая собой систему мембран, — аппарат Гольджи (или комплекс Гольджи) (на схеме эта система напоминает сложенные в стопку листы). Экзосомы и эндосомы — пузыреобразные органеллы (везикулы), участвующие в процессе обмена веществ между клеткой и её окружением. Вероятно, наиболее важными в клеточном метаболизме являются митохондрии, представляющие собой органеллы, по размерам приближающиеся к бактериям. Лизосомы и пероксисомы —маленькие глобулярные органеллы, предназначенные для выполнения специфических функций. В клетке имеется белковая нитевидная структура, напоминающая строительные леса (так называемый цитоскелет).
Помимо этих органелл в клетках растений (см. Растительные полисахариды) имеются хлоропласты (места фотосинтеза), вакуоли, выполняющие структурные функции и являющиеся хранилищами, а также прочная клеточная стенка, построенная из целлюлозы и других полисахаридов.
На схеме для гепатоцитов (клеток печени) приведены приблизительный объем, который приходится на каждый вид органелл (в % к общему объёму клетки, на схеме жёлтого цвета), и число каждой из органелл на клетку (на схеме голубого цвета): эти данные могут значительно различаться для разных типов клеток.