Два других продукта распада (ацетоацетат и ацетил-КоА) не могут включаться в глюконеогенез в организме животных. Они используются для синтеза кетоновых тел, жирных кислот и изопреноидов (см. Водорастворимые витамины. II, Метаболизм липидов). Поэтому аминокислоты, которые разрушаются с образованием ацетил-КоА или ацетоацетата, называются кетогенными аминокислотами. Фактически кетогенными являются только лейцин и лизин. Некоторые аминокислоты поставляют продукты деградации, являющиеся глюкогенами и кетогенами. К этой группе принадлежат фенилаланин, тирозин, триптофан и изолейцин.
Существует несколько путей удаления аминогруппы во время распада аминокислоты (дезаминирования). Обычно NH2-гpуппа переносится путём трансаминирования на 2-оксоглутарат (см. Гидрофильные гормоны, жёлтые метки на схеме). Образующийся глутамат в дальнейшем вновь превращается в 2-оксоглутарат с помощью глутаматдегидрогеназы (окислительное дезаминирование, зелёная метка). В этой реакции образуется свободный аммиак (NH3), который у высших животных превращается в мочевину и выводится из организма (см. Цикл мочевины). Аммиак освобождается также при гидролизе амидных групп аспарагина и глутамина (гидролитическое дезаминирование, оранжевая метка). Другим превращением, при котором образуется NH3, является элиминирующее дезаминирование серина в пируват.