Протеиназы классифицируются по механизму реакции. Сериновые протеиназы (схема В) содержат в активном центре важный для каталитического действия этих ферментов остаток серина, в цистеиновых протеиназах таким является остаток цистеина и т.д. Экзопептидазы гидролизуют пептиды с конца цепи: аминопептидазы — с N-конца, карбоксипептидазы — с C-конца. Наконец, дипептидазы расщепляют только дипептиды.