На модели видно, что тРНК свёрнута в компактную клинообразную структуру. Как и в ДНК, большинство оснований находятся внутри молекулы, в то время как полярный остов — на поверхности. Исключение составляют три основания антикодона (окрашены в жёлтый цвет), который должен взаимодействовать с мРНК. Большинство оснований принимает участие в межмолекулярном спаривании. Некоторые из образованных пар не соответствуют общим принципам спаривания оснований, обычно соблюдаемым в ДНК (A + U, G + C).