В отличие от ДНК, РНК не образуют двойных спиралей, но содержат короткие участки со спаренными основаниями (см. Деградация нуклеотидов). Это приводит к образованию субструктур, которые при двумерном изображении напоминают «шпильки» и петли, образующие фигуру типа «кленового листа». В таких структурах двухцепочечные участки соединены петлями. Множество фрагментов, в которых чередуются структуры типа шпилька—петля, содержится в высокомолекулярных РНК, таких, например, как рибосомная 16S-pPHK (16S-rRNA) (в центре). Кроме того, эти фрагменты образуют трёхмерные структуры; следовательно, РНК подобно белкам имеют четвертичную структуру. До настоящего времени установлена четвертичная структура небольших РНК, прежде всего тРНК (tRNA). Из иллюстраций, приведённых на схеме Б и на с. Биосинтез нуклеотидов очевидно, что трёхмерная укладка структуры типа «кленовый лист» окончательно не установлена.
РНК клетки существенно различаются по размерам, строению и продолжительности существования. Преобладающую часть представляют рибосомные РНК [рРНК (rRNA)], которые в различных формах составляют структурные и функциональные части рибосом (см.Рибосомы: инициация трансляции). Рибосомные РНК синтезируются в ядре в процессе транскрипции на ДНК, там же подвергаются процессингу и ассоциируют с рибосомными белками, образуя рибосому (см. Ядро, Транскрипция). Приведённая на схеме А бактериальная 16S-pPHK, включающая 1542 нуклеотида, является компонентом малой рибосомной субчастицы, в то время как небольшая 5S-pPHK (из 120 нуклеотидов) входит в состав большой субчастицы.
Матричная РНК [мРНК (mRNA)] переносит генетическую информацию из клеточного ядра в цитоплазму. Её транскрипты также сильно модифицируются в ядре (созревание мРНК, см. Созревание РНК). Так как мРНК считывается на рибосоме кодон за кодоном, она не должна складываться в стабильную третичную структуру. Спариванию оснований препятствуют белки, ассоциированные с мРНК. Из-за различного объёма информации, которую могут нести мРНК, РНК этого типа сильно варьируют по размерам. Для мРНК характерно короткое время жизни, так как они быстро распадаются после трансляции.
В сплайсинге предшественников мРНК принимают участие малые ядерные РНК [мяРНК (snRNA от англ. small nuclear RNA)]. Они ассоциированы с рядом белков, образуя «сплайсомы».